Постоје две болести коња које добијају посебну пажњу од здравствених власти. То су заразни метритис коња и вирусни артеритис коња, обе патологије подложне службеној контроли.
Чињеница да ове болести имају већи значај није толико посљедица морталитета који узрокују, већ потешкоћа на нивоу репродуктивног управљања. Односно, ако се зна да је коњ - мужјак или женка - носилац ових болести, имаће потешкоћа када је у питању употреба као репродуктора.
Ово оставља многе животиње са неуспоредивим генетским квалитетом изван програма узгоја и селекције само због чињенице да је, у вријеме анализе, показало се да носе погрешне микроорганизме.
Болести коња под службеном контролом: заразни метритис коња
Заразни метритис коња појављује се као мукопурулентни вагинални исцједак који је посљедица упале материце, узрокујући привремену неплодност. У ствари, кобиле могу за кратко време да претрпе више од једне епизоде болести.
Да заиста, након инфекције већина копитара се опорави без проблема, иако могу постати носиоци патогеног микроорганизма који изазива болест (Таилорелла екуигениталис).
Репродуктивни мушкарци обично преносе инфекцију током односа. Стога, они делују као преносиоци - бактерије остају у урогениталним мембранама - и дисеминатори инфекције.

Дијагноза
Бактерије се могу открити у лабораторији из узорака прикупљених из репродуктивног система пастува и кобила. Данас је овај тест обавезан пре међународног кретања копитара.
ПЦР се такође често користи за откривање, јер се показао као веома користан. Серолошки тестови не могу поуздано открити инфекцију с циљем дијагнозе и контроле, иако се користе код оних женки које су укрштене са пастувом за који се сумња да је носилац.
Програм контроле болести коња и здравствена квалификација
Вакцине још нису доступне за заштиту од ове болести или за спречавање колонизације Т. екуигениталис. Из тог разлога развијају се контролни програми којима ће коњи бити подложни. -мушки и женски- намењени репродукцији. Ова контрола се спроводи следећим мерама:
- Од животиња се узимају узорци за лабораторијску анализу.
- На основу резултата, коњима се даје здравствена оцена у односу на метритис.
- Према овој квалификацији, ови коњи могу, али и не морају бити предодређени за репродукцију. На овај начин се, колико је то могуће, избегава зараза тако што се не прелазе појединци превозници.
Болести коња под службеном контролом: вирусни артеритис коња
У овом случају суочени смо са заразном болешћу узрокованом вирусом Артеривиридае. Иако се чини да је спектар природних домаћина вируса ограничен на копитаре, постоје докази да он утиче и на алпаке и ламе.
Симптоми које изазива болест нису баш специфични. Животиња може доживети грозницу, депресију, анорексију, отицање ногу, скротума и препуцијума, коњунктивитис, цурење из носа и кошнице, између осталих клиничких знакова. Код женки може доћи до побачаја, а код младих ждребади пнеумоније и фулминантног ентеритиса.
Срећом, уобичајена ствар је потпуни опоравак животиње након што симптоми прођу. Оно што је познато је да у ткивима постоје последице због васкулитиса -упала крвних судова- узрокована вирусом.
Неки пастуви постају хронични преносиоци вируса у свом репродуктивном систему и могу се излучити спермом. Овај догађај има везе са присуством андрогена, јер није пронађен у полно незрелим кобилама, ждребицама или ждребадима.
Преношење
Ширење вируса може се одвијати респираторним, сексуалним или урођеним путем. Полни пренос је најважнији за власти, будући да има већи потенцијал за превенцију.
Дијагноза
Ова болест се мора разликовати од многих других које утичу на респираторни систем или изазивају опште симптоме. Ово је случај грипа коња, ринитиса коња или афричке куге. Зато се проводе све врсте аналитичких тестова покушавајући разликовати неке патогене од других..
Идентификација артеривируса из узорака ткива и секрета може се постићи ПЦР -ом. Ово служи и за потврђивање и за искључивање инфекције, па је корисно омогућити кретање животиња.
Употреба серолошких тестова је такође корисна при испитивању сумњивих случајева побачаја, смрти код младих ждребади или старијих коња. Нажалост, само неки нуде довољну осетљивост и специфичност.
Контрола болести коња, здравствена оспособљеност и програми вакцинације
Учесталост ове болести повећала се посљедњих година због већег броја кретања коња и кориштења почетних доза. Стога, циљ програма контроле је спречавање ширења вируса између приплодних животиња. На овај начин је могуће смањити ризик од побачаја и смрти код младих ждребади.

Ови програми су засновани на правилној пракси управљања и вакцинације код полно незрелих мушкараца, репродуктивних женки и ждребета. Тренутно постоје две комерцијално доступне вакцине против вируса, једна у Северној Америци и једна у Европи. Обоје имају за циљ спречавање избијања, са посебном пажњом на абортус код кобила..
Сви коњи предвиђени за узгој биће подвргнути програму контроле. Ова контрола ће укључивати узимање узорака и њихову анализу ради утврђивања њихове санитарне квалификације. У зависности од резултата, укрштања ће бити дозвољена -или не.